食用菌一旦发生病虫害，往往比较难处理，而且损失已经造成。因此，食用菌病虫害的综合防治更强调预防为主，防重于治的原则，并尽量采用农业防治措施，减少化学药剂的使用，以避免对食用菌产生药害和造成污染。
一、预防措施
1、菌种厂应远离仓库、饲养场、装料间、灭菌锅和接种间，建筑设计要合理，灭好菌的菌种袋或菌种瓶要能直接进入接种间，以减少污染的机会。接种室、培养室要经常打扫，进行消毒，要定期检查，发现有污染的菌种立即处理，不可乱丢。出厂的菌种要保证没有污染，不带病虫。栽培场引进菌种要注意防止带人病虫害。
2、搞好栽培室和栽培场地的卫生。
裁培场地要远离仓库、饲养场、垃圾场。搞好环境卫生，减少杂菌和害虫的隐藏、孳生场所，减少人为传播的机会，并尽量减少闲杂人员进入栽培室。栽培室的门窗和通风洞口要装纱网，在防空洞、地道、山洞栽培食用菌，出人口要有一段距离保持黑暗，随手关灯，以防止害虫飞人，传播菌源。
露地栽培时要清除栽培场的残株及附近的枯枝落叶、烂草及砖石瓦块。清理环境后，必要时场地还要进行杀虫，为防白蚁要挖诱蚁坑或环形沟。
栽培室在栽培食用菌前要清扫干净，架子、墙壁、地面要彻底消毒、杀虫。要特别注意砖缝、架子缝等处容易藏匿害虫的地方，对发病严重的老栽培室要进行熏蒸消毒，方法是每立方米容积用80毫升福尔马林和40克高锰酸钾混合液进行熏蒸。熏蒸时要密闭栽培室，2天后打开门窗通风换气24小时再将菌袋送人。也可用硫磺熏，用量为每立方米5克，密闭48小时，再过2天后进料。
3、注意原料、菌袋、工具的卫生。麸皮、糠秸、稻草、棉籽壳等易发霉变质的原料，要妥善保管好，并严防有毒物质、原料混入培养料。废料、料块、老菌袋不要堆在栽培室附近，并须经过高温堆肥处理后再用。栽培室的新旧菌袋必须分房隔开存放，绝不可混放，以免老菌袋的病虫转移到新的菌袋上。裁培工具也要分开使用，并做到严格灭菌和消毒，以预防接种感染和各种继发感染。
4、把好菌种质量关。对刚分离的菌种，要从多方面进行观察，并要试种，看其经济性状表现。对于引种，应按照质量标准挑选。在制种过程中，要经常检查和挑选，一旦发现污染，立即淘汰，确保生产菌种纯度，对于生产的菌种，要及时使用，以防老化，并控制传代次数。在栽培过程中，一旦发现有杂菌发生，应及时用甲醛等药物进行注射处理。
5、及时清除残菇，并进行消毒。采菇后要彻底清理料面，将菇根、烂菇及被害菇蕾摘除捡出，集中深埋或烧掉，不可随意扔放。双孢菇培养和覆土需经消毒处理，在送上床架前用漂白粉或甲醛消毒或喷杀虫剂后盖膜密封24小时。
6、促菇抑虫抑病。不同的食用菌对其生长发育的条件有不同的要求，要依照各种食用菌的要求对湿度、水分、光线、酸碱度、营养、氧与二氧化碳等进行科学的管理，使整个环境适合食用菌的生长而不利于病原菌和害虫的繁殖生长，即所谓促菇抑虫抑病。
7、灭菌要彻底。栽培时灭菌一般采用高压或常压蒸汽灭菌方法。高压灭菌应在2个大气压下保持2个小时且进气和排气要十分缓慢。常压灭菌要求4小时内使锅内温度达到97-100℃。此后，对于灭菌时当容积的灭菌仓应将上述温度保持10小时左右，且灭菌后，待锅内温度至60℃以下时方能出锅。在接种前要进行消毒处理，严格按照无菌操作规程进行，具体做法是：将作菌种用的栽培种拔去棉塞，用酒精灯燃烧瓶口，然后迅速放进接种箱，接种室必须提前用甲醛、高锰酸钾等高效低毒剂进行消毒。
二、农业防治措施
1、水浸法防治害虫：有些害虫由于浸入水中造成缺氧和促使原生质与细胞膜分离致死。但必须注意栽培袋无污染、无杂菌菌块，经2-3小时浸泡不会散，菌丝生长很好，否则水浸后菌块就散掉，虽然达到消灭害虫的目的，但生产效益将受到损失。其操作方法是：瓶栽培的和袋栽培的可将水注入瓶、袋内，块栽培可将栽培块浸入水中压以重物，避免浮起，浸泡2-3小时，幼虫便会死亡漂浮，浸泡后的瓶、袋沥干水即放回原处。
2、利用害虫的习性进行防治：有些害虫有着特殊的习性，如菌蚊有吐丝的习性，幼虫吐丝，用丝将菇蕾罩住，在网中群居为害，对这些害虫可人工捕捉。瘿蚊有幼体繁殖的习性，一只幼虫从体内繁殖20头幼虫。瘿蚊虫体小，怕干燥，将发生虫害的菌袋在阳光下曝晒1-2小时或撒石灰粉，使虫干燥而死，可降低虫口密度。另外，还有些鳞翅目的幼虫老熟后个体很大，颜色也艳，在采菇和管理中很易发现，可以随时捕捉消灭。对落在亮处的害虫要随时拍打捕杀。有的幼虫留下爬行痕迹要沿痕迹寻找捕捉。
3、诱杀害虫：诱杀害螨，可就地取材用菜籽饼效果较好。在菇床上铺上若干块纱布，将刚炒好的菜籽饼撒一层在纱布上，螨就聚集于纱布上，然后将纱布在浓石灰水中一浸，螨便被杀死，连续几次杀螨效果可达90％以上。无菜、棉籽饼的地方用浸敌敌畏药液的棉球熏蒸杀螨效果也不错，将蘸50％敌敌畏的棉球，在菇床下每隔70厘米左右呈品字排列放置，并在菇床培养料面盖上湿纱布，在石灰水中浸泡螨即死杀，反复几次，效果更好。对蚊蛾用黑光灯或节能灯诱杀，效果也好。方法是在灯下的水盆中放人0．1％敌敌畏，害虫落人盆中即被杀死。利用害虫的趋光性，在强光处挂粘虫板，粘虫板上涂40％聚丙烯粘液，有效期可达2个月。此外，要特别注意消灭越冬成虫。
三、药剂防治措施
在食用菌生产中，不提倡用化学药剂防治病虫害。食用菌是真菌，食用菌的病害也多由致病真菌引起，使用农药容易使食用菌产生药害，食用菌栽培周期短，尤其是出菇期使用农药，农药极易残留在子实体内，直接食用对人体健康不利。因此，要尽量减少化学药剂的使用。
用药剂治虫是一种应急措施，有时必须喷药，但用药前一定要将蘑菇全部采完。菇房内发生眼蕈蚊、粪蚊可喷500倍敌百虫。如果瘿蚊大发生，喷500倍的辛硫磷或乐果能收到一定的效果。跳虫为害严重时，喷500倍敌敌畏效果很好，但要注意平菇对敌敌畏很敏感，浓度稍大时就可能出现药害。用磷化铝薰蒸蘑菇害虫，根据多次试验，每立方米用3片(9.9克)对眼蕈蚊、菌蚊、粪蚊、跳虫及蛞蝓的防治效果都很好，但对瘿蚊则需要每立方米用10片(33克)，防治效果才理想。磷化铝吸收空气中的水分后分解，释放出磷化氢，该气体穿透力很强，能杀死菌块表层及内部的害虫，而对菌丝体及子实体的生长无影响，菇体内无残毒，熏蒸时菇房要密闭，操作人员应戴防毒面具，一定要按规程进行，熏完后菇房要密闭48小时，再通气2-3小时，才可以人内，以免中毒。