施肥是提高水稻单位产量最有效的方法之一。水田施肥以尿素、磷酸二铵、硫酸钾（氯化钾）、生物硅肥为主，微肥、生物肥和调节剂按照农业技术部门的指导意见使用。

施肥时要早施，这时因为氮肥施用后要经过一段时间才能发挥作用，因为氮肥的肥效发挥得较慢，分蘖要尽早施，一般在返青后立即施用；施肥时要看苗情，分蘖肥的80%要全田施用，其余的20%要看苗的长势进行适当调整施用，苗势好的略减，苗势差的多加一些，这样施用的目的是为了控制全田苗齐，达到基本一致的长势；施肥时也要看天气，一般雨天或上午露水较大的时候不要施肥，避免叶上有水粘肥融化产生烧苗现象；施肥后要保持田间的水层，不要排水，待自然落干后再进行灌水。

施肥期可分为基肥、分蘖肥、穗肥、粒肥（视水稻生长势而取舍）4个时期。各个时期的施肥时间和分配比例如下。

基肥

水稻移栽前施入土壤，基肥占化肥总量的40%，结合最后一次耙田施用。建议每667平方米（一亩）施用20千克撒可富水稻肥20～12～14或类似复合肥。

分蘖肥

分蘖期是增加株数的重要时期，在移栽或插秧后半个月时施用。分蘖肥的重点是氮肥，在整个生育期中，此阶段可施用1/3左右的分蘖肥，亩用尿素3～5公斤，可根据土壤的肥力情况酌情增减，肥力好的略减，肥力低的要适当增加，壮苗早插的可少施，弱苗晚插的可多施。根据秧苗的生长情况酌情增施一些微肥。

穗肥

分为促花肥和保花肥。促花肥是在穗轴分化期至颖花分化期施用，此期施氮可增加每穗颖花数。保花肥是在花粉细胞减数分裂期稍前施用，具有防止颖花退化和增加茎鞘贮藏物积累的作用。穗肥不分促花肥和保花肥，而在移栽后40～50天时施用。建议每 667平方米（一公顷）施用10千克撒可富10～6～24的复合肥或类似复合肥。

粒肥

粒肥具有延长叶片功能、提高光合强度、增加粒重、减少空秕粒的作用。尤其群体偏小的稻田及穗型大、灌浆期长的品种，建议施用少量的尿素，但切不可偏氮，以免贪青晚熟。