纤毛虫病是虾蟹类养殖中严重疾病之一，纤毛虫影响对虾的摄食、脱壳和生长，轻则对虾吃料减慢、对虾生长停滞；重则对虾出现爬沙爬边，时期长起慢性肠炎，在蜕壳期间出现零星偷死；严重时引起继发性细菌感染可导致对虾大量死亡。
纤毛虫靠摄取水中的有机营养物质生活，适于在受有机质污染的水域中繁衍。在清新、无有机质的水中，纤毛虫则得不到充足营养，生长繁殖被抑制，继而死亡。
虾养殖中常见的纤毛虫一般是以细菌或有机碎屑为生，并不会入侵到对虾的器官或组织，仅仅是寄生在对虾的体表、鳃部，和对虾共栖，可是这个共栖寄生过程往往就可能会给对虾带来许多负面的影响。纤毛虫可以寄生在对虾的各个生理阶段，在对虾寄生的纤毛虫数量不多时，肉眼看不出症状，危害也不会太严重，在对虾换壳时就可以摆脱纤毛虫。但寄生数量太多了，就会带来对虾脱壳不遂、并发感染其他生物等等严重的症状。对虾纤毛虫感染严重时肉眼都可以看到，对虾的游泳足发黄、发红，鳃部变黑，也就是养殖户说的黑鳃。但是洗一洗后用显微镜看对虾的鳃组织，对虾的鳃部并没有变黑，表明那些黑东西是附着物。这些附着物可能会阻碍了对虾的呼吸，影响了对虾正常换壳等等生理现象，严重的发生缺氧浮游或者打转的浮游，甚至窒息死亡。纤毛虫感染很严重的时候甚至可以看到对虾体表面有一层灰黑色绒毛状付着物，也就是养殖户常说的挂脏现象。感染纤毛虫的虾一般都都会表现出活力差，摄食能力降低，生长发育停止，不能正常换壳等等，如果不及时控制纤毛虫的寄生这些症状会变本加厉，结果会引起对虾的异常更加严重甚至大批死亡。
池塘纤毛虫的出现表明，这个池塘的有机腐败物、细菌（包括所有类型的细菌）太多了，这些是在没有排污设备的土池、已经投料比较多的养殖中后期很难避免的现象，在滥用微生物、糖浆的虾塘可能会更加明显。纤毛虫等等寄生虫这些微型动物是通过摄取水体中的有机碎屑、细菌、浮游植物及其它固体有机物为生，是污染严重的水体自净主力军，养殖水体中的纤毛虫等等寄生虫越多，就是表明养殖水体的有机污染越严重。尽管纤毛虫等等寄生活动越旺盛、越多，就表明池塘水的自净能力越强，水质会容易净化，但是纤毛虫等等的寄生虫对许多养殖品种都有害无益，所以要降低纤毛虫的感染率首先就必须降低池塘的有机污染。可采取降低底泥、水体有机物（也就是为底泥、水体减肥）来控制纤毛虫泛滥。
纤毛虫发生的主要原因：
1、没有定期改底，饲料、肥料、残饵粪便等在池塘底部越积越多，底部缺氧发臭，此时易生纤毛虫。
2、经常使用膏状肥水产品肥水，肥水快速，水色往往绿爽、好看，但是由于可以被纤毛虫摄食的小型藻类大量繁殖，会造成纤毛虫大量发生，同时造成水体有机污染物过多，水体溶氧偏低，水质恶化滋生纤毛虫。
3、使用絮凝剂改底，致使过量有机质淤积池底，引发纤毛虫繁殖。
4、水变或倒藻后没有正确及时改底。
5、对虾养殖密度过大时也易发纤毛虫病。
纤毛虫预防措施：
1、稳定水体，加快有机质分解，减少污染。
2、多增氧。增氧是池塘生物生存的前提，很多微生物必须在溶氧充足的条件下才能才能生存。
3、勤改底。改底的同时能很好的预防纤毛虫病的发生。
4、水体环境变化时，及时使用补钙抗应激，脱壳时促进虾迅速硬壳。好的体质，本身就可以抵抗纤毛虫的侵害。
判断纤毛虫在对虾身体上寄生方法：
1、水质：水质浑浊、透明度及水色给人感觉矇矇眬眬不清爽，调水、肥水不爽不起，可怀疑对虾有可能寄生纤毛虫；或水“寡”藻类单一的水体也易起纤毛虫。
2、对虾一段时间不能加料，虾体粗糙，起料台快离水时侧看甲壳有荧光，脚黄、鳃黄，则有可能起纤毛虫，尽快镜检以确定。
3、吃料正常蜕壳期间出现零星偷死，一般凌晨发现偷死，下午没有，两三天后偷死情况消失，在可能是纤毛虫寄生少量虾导致对虾蜕壳不遂。
纤毛虫的处理方法：
1、促蜕壳：小虾，体质较好，无其它病症、吃料正常，纤毛虫寄生不严重的情况下采用此方法：一般上午改底，同时进适量的外源水，下午补钙或可促进对虾大量蜕过壳。
2、杀灭：原则大量蜕壳期间不杀、天气不好尽量不杀、对虾其它病症高于纤毛虫对对虾的影响不杀、对虾有期它病症慎杀、对虾体质差慎杀、药物选择经适当，杀虫时要注意增氧防应激。杀虫情况比较复杂，能不杀尽量不杀。
不建议杀纤毛虫的原因：
1、如果是选择杀纤毛虫，纤毛虫可能会杀下来，但水体也被杀的更加恶化，加速了纤毛虫反弹。
2、通过改底驱除底部虫卵，降低水底中的纤毛虫，并内外补充钙源，加速虾子蜕壳生长，这样既从根本上降低了水底中的纤毛虫数量，减少了附着的机会，也通过蜕壳蜕掉体表纤毛虫，促进虾子快速生长。
对虾是纤毛虫类的主要宿主。纤毛虫吸附在对虾体表、鳃丝等部位，如果对虾身体健壮，能正常脱壳，则寄生的纤毛虫亦随之脱掉，于对虾无影响。因此在温度适宜，池中有机营养物质丰富且又有宿主存在时，纤毛虫以有性和无性方式大量繁殖。特别在大风、闷热、暴雨过后，池底剩余有机质被翻起，纤毛虫在一到两天大量繁殖导致对虾出现异常。