病虫害防治原则：预防为主，防治并重。
1、侵染性病害
褐腐病：又称白腐病、水泡病等，真菌性病害，其病原菌为疣孢霉，该菌性喜密闭、潮湿的环境，其菌丝的最佳生长温度为25℃，发病初期，子实体的菌柄基部出现绵毛状白色菌丝，继之向上发展，病菇呈水渍状，随后变褐、死亡；幼菇感病后，常出现菌盖小或无菌盖等畸形，感病后期有黑褐色液体渗出，继之腐烂、死亡。发病的主要原因是菇棚或土壤中有该菌孢子存活，当菇棚通气不良、湿度过高温度适宜时，其孢子萌发，形成危害。处理措施：认真进行菇棚消杀，使用200倍百病傻溶液进行地毯式喷洒，之后密闭并予暴晒，一般2天后即可启用；对上季生产发病严重的菇棚，可加大浓度连续用药2次；发病初期，摘除病菇，使用百病傻溶液喷洒病区；发病严重时，首先对棚内进行喷药，然后将菌袋使用赛百09进行药液浸泡处理。
软腐病：又称蛛网病、褐斑病等，典型症状就是出现大量白色网状菌丝，而且发展迅速，感病菇体渐呈水红色、褐色，继之腐烂。软腐病的病原菌是轮枝霉，该霉菌的分生孢子可在土壤、墙体缝隙以及废料中长期存活，借助空气、覆土、工具、人体等传播。处理措施：停止喷水，降低湿度；清除病菇，清理料面，喷洒百病傻溶液；菇棚门口撒施石灰隔离带，并谢绝外人参观；棚内经常喷洒药物以预防该类病害的发生。
斑点病：又称褐斑病、黄菇病等，属细菌性病害，主要症状：菌盖是该病害的主要危害对象，发病初期，菌盖表面可见淡黄色变色区，后逐渐加深变为干黄色、浅褐色、暗褐色，并同时出现凹陷斑点，继之分泌粘性液体，如果空气湿度不是太高，约3天左右，粘性液体渐干，随后菌盖开裂，形成不对称菌盖的子实体。斑点病的病原菌是假单孢杆菌，喜高湿、高温、密闭的环境，该菌在自然界的分布很广，工具、材料、原料、土壤、水流以及各种虫类，均可成为传播媒介。处理措施：停止喷水，加强通风，充分降低湿度；清除病菇，清理料面，喷洒黄菇一喷灵或赛百09溶液；畦式栽培时，撒施一定量的石灰粉，也可起到抑制作用。
黄菇病：又称黄斑病，典型的表现为多在低温季节发病，如气温在10℃左右时，该病发展迅速，危害严重，初期只在菇体表面出现黄褐色斑点或斑块，随之病区扩大，并深入菌肉组织，此后，子实体变为褐色、黑褐色，进而死亡、腐烂。黄菇病的病原菌为黄单孢杆菌，亦属细菌性病害，该病菌性喜低温、高湿环境，其传播途径与斑点病相似，防治措施相同。
2、生理性病害
瘤盖菇：菌盖表面密密麻麻排列着若干颗粒状凸起，严重的长成毛刺状，菌盖硬实、偏厚，菇质僵化，菌柄粗短，失去商品价值。原因：菌种的生物学特性不耐受低温，自菌蕾阶段接受偏低温度后，尽管尚未冻死，但过低的温度持续时间太长，使菌盖表层细胞与菌肉组织细胞的分裂伸长不能同步，从而引起失调，导致该生理现象发生。解决办法：提高棚温；注意下年度安排低温季节出菇时，应选用耐低温菌株。
菜花菇：原基密集，但菌盖和菌柄并无明显分化，表面上只是一个菜花状的白疙瘩，没有任何商品价值。原因：二氧化碳浓度极高；基料内过量添加了某些辅料如化肥、农药或其它化学成分；有害气体中毒；现蕾前后料面使用了过量农药等等。解决办法：分析具体情况，找出原因，然后对症下药。
粗柄菇：菌柄基部正常，中部粗大，菌盖没有分化。原因：通风严重不足，二氧化碳浓度过高。解决办法：加强通风即可。
珊瑚菇：较庞大的原基上，分生出若干小子实体，但只长到1～2厘米即不再继续发育，形同一块珊瑚石。原因：二氧化碳浓度过高；温度偏高，湿度偏低；或原基分化至珊瑚期时，突遇25℃以上高温，或遭遇较强大风等等。解决办法：刮除死菇原基，适当破坏料面，兑制食用菌三维营养精素溶液，浸泡菌袋或进行连续喷施，使之补充营养，同时加大棚湿至90%左右，降棚温至23℃以下，并保持相对稳定。
3、主要虫害
菇蚊：为主要害虫之一。危害过程为：成虫产卵于基料发酵或发菌阶段，也可在出菇阶段产卵子于菌袋中，在13~35℃条件下，5天左右幼虫孵出，咬食菌丝即子实体，其寿命约12天左右。其蛹期5天左右，即再变为成虫。每年可发生10代左右，抗性也在逐渐提高。据数年的观察、研究，菇蚊可于10℃左右进行活动与繁殖，并形成危害。防治措施为：清理环境，重点杀灭，杜绝虫源。培养室及菇棚均要安装防虫网，以防成虫趋光、趋味而入。发现有成虫时立即用1000倍菊脂类农药予以彻底杀灭。基料内发生幼虫危害后，尽早使用磷化铝熏杀，可将菌袋于出菇间歇期装入大塑袋内，可用双层大棚膜筒料两头扎口，按每立方米空间放置4片用量投入磷化铝，6~12小时也可全部杀死。
菇蝇：防治措施参考菇蚊。
跳虫：又名弹尾虫、烟灰虫，它们以食用菌的菌丝及子实体为危害对象，并且伏在菌褶部位，使产品失去商品价值。跳虫喜潮湿、高温，可作为卫生状况的指示虫，尤其有积水处，跳虫可伏在水面上，防治措施除参照菇蚊外，另可在出菇前及潮间进行化学防治。
螨类：常见的主要有粉螨和蒲螨等，螨类既咬食菌丝，又取食子实体，尤以危害菌丝为重。一般肉眼很难观察到其单体的存在，发生严重时，料表可见一层白色或肉红色甚至红褐色，菌丝很快被吃光。防治措施：对购回的菌种，应严格检查，确保不带虫，对自制的菌种，也应仔细检查，发现问题，及时处理。发现少量螨害后，喷洒扫螨净后覆盖塑膜不使药物散发，10小时后取下。
线虫：主要有菌丝线虫、滑刃线虫等多个种类，13~26℃范围内，不停地繁殖并造成危害，依靠其口针取食菌丝体及子实体的营养及水分，使菌丝从有到无，子实体萎缩、腐烂。防治措施：使用清洁水源拌料与喷雾保湿，水质不洁净时可加入适量硫酸铝使水中杂质沉淀，以净化水质。发现线虫危害后，可在料面上喷洒500倍马拉松溶液，或将菌袋浸入1%食盐水溶液，10分钟后取出，地面撒施一层石灰粉，再将菌袋排入。