2016年，国家发改委和农业部联合启动农业环境突出问题治理专项，先期在安徽、江苏等9个省开展全国典型流域农业面源污染综合治理试点项目，肥东县被列入安徽省巢湖流域第一批试点县。2017年，肥东县农业面源污染综合治理试点项目全面开工建设，经过两年的建设，共建成牛沼饲循环利用工程、场区雨污净化利用工程、“互联网+”智能配肥工程、绿色防控应用工程、美丽乡村生活污水净化工程和农田尾水净化工程。2019年7月肥东县农业面源污染综合治理试点项目通过竣工验收，11月市发改委和市农业农村局联合组织专家对该项目进行市级验收，并于2020年4月初通过验收。验收组一致认为该项目较好地完成了批复建设内容，各项建设均达到设计要求并取得初步成效，通过该试点项目的实施，大大降低了项目区内产生的农业面源污染，达到了项目既定的目标要求，也为巢湖流域农业面源污染治理积累了丰富的经验。